Neste artigo estarei mostrando como remover vírus de pendrive. Esse procedimento precisa que o computador esteja sem virus, caso ja tenha plugado seu pendrive infectado recomendo que baixe e execute o combofix segue o link: Como usar o combofix.
Depois de seu computador estiver limpo faça os seguintes passos:

1. segure a tecla SHIFT do teclado e plugue o pendrive e aguarde até que seu pendrive seja reconhecido, depois pode soltar o shift.
2. não abra o pendrive do jeito normal, aperte a  tecla do windows + E(aquela com o desenho do logotipo do windows) para abrir o windows explorer e  abra clicando conforme a imagem abaixo:
   
   
3. Depois clique em Ferramentas e em opções de pasta
4. E na aba modo de exibição desmarque as opções Ocultar arquivos protegidos do sistema operacional(recomendado) e marque a opção Mostrar pastas e arquivos ocultos e clique em OK como na imagem abaixo:
   
   
5. depois disso se seu pendrive estiver com vírus localize o arquivo com nome de autorun, e apague ele.
6. localize também se possui uma pasta chamada recycle, se tiver pode apagar ela.
7. depois disso vamos localizar outras coisas, é comum também o vírus criar executáveis com a aparência das pastas que você possui no pendrive, para saber se são suas pastas ou vírus faça o seguinte:
8. Com o pendrive ainda aberto clique no menu exibir >organizar ícones por>tipo
   e no menu exibir >organizar icones por>mostrar em grupos 
9. feito isso todos os arquivos estarão categorizados facilitando assim a identificação deles, no grupo Aplicativos delete qualquer coisa que você não reconheça e todos os que estiverem com a aparência de pasta, pode fazer isso sem preocupação.
10. as vezes o vírus altera o registro e muda o nome do grupo Aplicativos para folders.
11. e por ultimo apague qualquer arquivo que você não reconheça
12. Depois disso seu pendrive estará limpo, uma dica para evitar de infectar seu pendrive é criar uma pasta com o nome de autorun.inf e depois clicar com a tecla direita em cima da pasta ir em propriedades e marcar as opções oculto e somente leitura.
13. recomendo também que leia o artigo Resolvendo problemas de arquivo oculto ou sumiu do Pendrive pois é comum que depois de um virus infectar seu pendrive ele ocultar as pastas